Hola Makoyman, las tarjetas AGP no se pueden pinchar en los slots pci express ya que son totalmente distintas, igual existe algun adaptador pero no te lo recomiendo, ya que no funcionaria como es debido. Y si, casi todas las placas base nuevas llevan estas ranuras, esta claro que cuando quieres cambiar placa base has de poner presupuesto para más piezas.
Espero haberte servido de ayuda!!
