¡Bueno! Dado que al final nadie respondió, me autorespondo.
Encontré un programa bastante bueno y fácil de usar, sobre todo para aquellos (como yo) que andamos de informática justa. El programa se llama
PocketDivXEnconder 0.3.60. Basta con descargarlo (no requiere instalación) y cambiar el idioma a español y lo demás es coser y cantar. Cargas por un lado el video y por otro el subtítulo y ¡tachán! Tienes video con subtítulos incrustados.
Un capítulo de unos 350mb te lo hace en 10 minutos. Así de fácil y rápido. Luego tiene otras mejoras, como las de audio, calidad de video, cambiar el tipo o tamaño de letra para los subtítulos, en fin...que viene muy completo.
